তথ্য ও যোগাযোগ প্রযুক্তি বিভাগ এবং কম্পিউটার বিজ্ঞান ও প্রকৌশল বিভাগ মাওলানা ভাসানী বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি বিশ্ববিদ্যালয়ের প্রথম দুইটা বিভাগ। ২০০৩ সালের ২৫ অক্টোবর ৮৩ জন শিক্ষার্থী এবং ৫ জন শিক্ষক নিয়ে কম্পিউটার বিজ্ঞান ও প্রকৌশল অনুষদ নামে কার্যক্রম শুরু হয়।