Avlunun ve dahi caminin doğusunda bulunan iki parçalı yapılar topluluğu bulunur. Bu yapıların hepsinin işlevi tam manasıyla çözülebilmiş değildir. İmarethane diye genellediğimiz bu yapıların aşevi, mutfak, fodlahane, helvahane, mumhane, kiler, depo, ahır-han benzeri işlevler gördüğü kabul edilmiştir.
Camiye yakın olan birinci bölümde kare planlı avlu etrafında çevrelenmiş kubbeli yapılar bulunur. Toplamda 11 kubbe ile çevrili bu ilk yapı bütünlüğü içerisinde avlunun Tunca Nehri’ne paralel uzanan kesimdeki cephe üç kubbe ile çevrilidir ve burasının yemekhane olması kuvvetle muhtemeldir.
Bu iç avlunun kuzey cephesinde tek payeye dayanan dört kubbeyle örtülü bir bölüm ile, aynı yapının cami cephesine bakan yüzü boyunca uzanan ve üzeri 5 kubbeyle örtülü bir bütünlük bu ilk yapıyı bütünleyen diğer unsurlar olarak göze çarpar.
Bu ilk bölümün karşısında ve camiye daha uzakta olan bölümün karşısında bir yapı daha bulunur. Bu yapı kendi bütünlüğü içerisinde L planlı uzanır. Toplamda 12 küçük kubbe ile örtülü bir mekandır. Diğer yapıda rastladığımız gibi ortada büyük bir payeye yaslanmış, üzeri dört kubbe ile örtülü kare planlı mekan içerisindeki ayrıntılardan tahmin edebileceğimiz gibi mutfaktır. İçerisinde ocaklığı bulunmaktadır.
Buraya bitişik ama geçişi sağlayan ara bağlantıya sahip olmayan dikdörtgen bir mekan daha bulunur. Üzeri ikişerli dizilişe sahip 4 sıra, toplamda 8 kubbe ile örtülüdür. Buranın işlevi hakkında çeşitli görüşler ileri sürülmüştür. Havalandırma mazgalı sebebiyle ahır olabileceği düşünülse de, bir çeşit kervansaray-han işlevi gördüğü görüşü daha baskındır. Bazı araştırmacılar buranın depolara yük taşırken hizmet gören arabaların hayvanlarının bağlandığı ahır olabileceğini savunmuştur. Bu bölüm külliyenin güneydoğudaki dış duvarlarını ile sınırlanmış bir iç avluya açılmaktadır.
Sultan II. Bayezid Külliyesi’nin güçlü anlatıma sahip vakfiyesinde külliyenin diğer bölümlerinde olduğu gibi bu bölümde çalışanların görevleri ve alacakları ücretler hakkında da ayrıntılı bilgilere sahibiz. Buna göre ;
1 imaret-i amire şeyhi, 2 vekilharç, 1 kilerci, 1 ambarcı, 1 aşçıbaşı, 5 aşçı, 6 ekmekçi, 2 nakip (şeyh yardımcısı), 2 ferraş (temizlik görevlisi), 1 hamal, 2 bulaşıkçı, 1 baltacı (odun kırmak için), 1 mutfak temizlikçisi, 2 kapıcı, 1 buhurcu, 2 pirinç ayıklayıcı, 2 buğday dövücü, 1 helâcı, 1 ahır bekçisi, 1 bahçıvan başı, 2 bahçıvan, 1 dülger (tamirci), 1 su yolcu, 1 kurşuncu, 2 tamircigörevli imarethane bünyesinde görev yapmaktaydı.