本監成立於民國四十九年七月一日,原專責收容法務部所屬各監獄患肺結核病受刑人,予以適當治療。成立時係借用台灣省政府所有之基隆海員醫院舊址加以整修使用,由於面積狹小又位於外港屬於港口擴建範圍,因此有遷監之議。乃於五十四年在基隆市光明段覓得省有市管土地一.九八二公頃(即現址),並辦理撥用手續,作為新監地址,至五十七年興建完成,同年七月遷入現址。
八十七年八月廿四日監察院司法委員會巡察基隆地區司法機關,發現本監軟硬體設備不足,一般受刑人與肺結核病犯雜處,缺乏有效之隔離措施,有空氣傳染之虞,且位處雨都,房舍陰晦潮濕,不適肺結核病之療養,建議法務部應將肺結核病犯遷移新型現代化監獄收治,法務部隨即著手規劃,本監奉法務部八十七年十月十四日函示,於十月三十日將病犯移撥台灣彰化監獄收治,自此僅收容普通受刑人。
八十八年六月九日法務部於毒品危害防制條例施行滿一年後,為因應基隆地區收容受戒治人之需要及本監專業收容肺病受刑人已移撥彰化監獄收治,於報行政院核定「各戒治所設立情形之調整規劃」函中將本監納入增設「台灣基隆戒治所」,並於同年七月一日起正式成立。又依法務部96年11月26日第 0961304879號函自97年1月1日起裁撤,爾後戒治部份由新店戒治所管收。
九十七年一月一日裁撤「台灣基隆戒治所」,自此本監僅收容普通受刑人。
一百年一月一日因應矯正署成立,本監名稱改為「法務部矯正署基隆監獄」。
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