A C3i integra atualmente quatro Núcleos de Investigação:
- BEMS: Bioenergia e Materiais Sustentáveis;
- NCDM: Núcleo de Computação, Design e Marketing;
- N-CSHS: Núcleo de Ciências Sociais, Humanas e Saúde;
- NIAS: Núcleo de Investigação em Agricultura Sustentável