По осамостојувањето на Република Македонија и по формирањето на независна и самостојна држава, донесен е нов закон за уредување на судовите со назив „Закон за судови“ службен весник бр.36/95 на Р.Македонија од 27.07.1995 и исправка на овој закон од 27.09.1995 објавена во службен весник бр.45/95. Со овој закон Општинскиот суд во Штип и Општинскиот суд за прекршоци и судот на здружен труд се споени и е настанат еден суд со назив Основен суд Штип.
Денес во истата зградата се наогаат Основниот суд Штип и Апелациониот суд Штип, Основното обвинителство, Вишото обвинителство, и Јавното правобранителство на РМ. Судот во 2003 ја почна соработката со Проектот за модернизација на судството во Македонија од која, имаше одлични резултати на повеке полиња а компонентата подобрување на судски капацитети значително ја подобри инфраструктурата во судот.
На 24.11.2004 свечено отварање имаше на новите простории на судот. Претседателот на судот Миланчо Рамбабов заедно со заменик директорот на УСАИД Алфреда Бруер ја отворија новата реновирана писарница на судот и двете нови и модерни судници со современ алармен уред во нив. Покасно во текот на соработката со Проектот судот опреми простор во која е сместена судската библиотека.