دانشگاه اردکان با موافقت شورای گسترش آموزش عالی در جلسه مورخ 1388/03/09 با عنوان مرکز آموزش عالی تأسیس و در نیمسال اول سال تحصیلی 89-88 در دو رشته روان شناسی عمومی و راهنمایی و مشاوره به پذیرش دانشجو پرداخته است. سپس در تاریخ 1389/10/18 بر اساس مصوبه شورای گسترش با ادغام دانشکده منابع طبیعی اردکان در مرکز آموزش عالی، این مرکز به مجتمع ارتقاء یافت و نهایتاًدرجلسه 1391/12/12 شورای گسترش وزارت علوم به دانشگاه ارتقاءیافت که هم اکنون شامل دانشکده های علوم تربیتی، کشاورزی و منابع طبیعی، فنی و مهندسی،دامپزشکی و مرکز آموزش عالی حضرت خدیجه(س)-ویژه خواهران- می باشد