Universitas Islam Negeri (UIN) Syarif Hidayatullah Jakarta berdiri sejak 1 Juni 1957 dengan nama ADIA (Akademi Dinas Ilmu Agama). Kemudian ADIA berubah nama menjadi IAIN (Institut Agama Islam Negeri) Al-Jami'ah Al-Islamiyah Al-Hukumiyah.
Pada tanggal 20 Mei 2002 IAIN Syarif Hidayatullah resmi berubah menjadi UIN Syarif Hidayatullah Jakarta yang hingga saat ini mempunyai 12 fakultas dan Sekolah Pasca Sarjana:
1. Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan
2. Fakultas Adab dan Humaniora
3. Fakultas Ushuluddin dan Filsafat
4. Fakultas Syari’ah dan Hukum
5. Fakultas Dakwah dan Komunikasi
6. Fakultas Dirasat Islamiyah
7. Fakultas Psikologi
8. Fakultas Ekonomi dan Bisnis
9. Fakultas Sains dan Teknologi
10. Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan
11. Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik
12. Sekolah Pascasarjana