Первое письменное упоминание о Паункюла связано с занесением деревни в датскую крепостную книгу в 1241 году. Но, как водится, поселения здесь и в округе значительно более древние, о чём свидетельствуют многочисленные ископаемые находки. Так, в 1956 году в сотне метров от шоссе Таллинн -Тарту из земли выглянуло серебряное ожерелье тонкого плетения с подвесками из арабских монет 10 века. Несколько лет спустя был найден клад с серебряными монетами и фрагментами украшений, относящихся к 11-12 векам. О существовании мызы Паункюла известно с 1493 года. Поместье принадлежало в разное время разным семейным родам балтийских немцев-баронов. Последнее сохранившееся здание мызы выстроено в 19 веке в стиле классицизма.