La actual Institución Educativa Santander, se creó en el año de 1972, gracias al entusiasmo de 25 socios que unieron sus esfuerzos y matricularon a sus hijos en un número de 33 estudiantes, cuya lista empieza con Arévalo Paz Bernardo Gabriel y termina con Urresta Caguazango Giraldo Eliseo.
Inició como Colegio Cooperativo Santander, luego pasa a ser de propiedad de Municipio y toma el nombre de Colegio Municipal Santander,
La Resolución No. 1711 del 4 de diciembre de 2003, emanada de la Secretaría de Educación y Cultura de Nariño, concede Licencia de Funcionamiento a la nueva Institución Educativa.