Храм был построен в 1914 году на месте ветхой церкви, разобранной по распоряжению Императорской археологической комиссии.
В 90-х годах XX столетия в храме были произведены ремонтно-восстановительные работы.
Храм Свт. Николая Чудотворца в д. Заборье является памятником народного зодчества; в настоящее время она относится к Глубокскому благочинию.