Der Pelly River ist ein Fluss im Territorium Yukon.Er ist einer der wasserreichsten Nebenflüsse des Yukon. Einzige Siedlungen sind Faro und Ross River am Oberlauf und dann etwa 350 Kilometer weiter flussabwärts Pelly Crossing, wo der Klondike Highway den Fluss kreuzt. Nach der Vereinigung mit dem Macmillan River mündet der Pelly River in der Nähe des Handelspostens Fort Selkirk in den Yukon.Der Name des Flusses geht auf John Henry Pelly zurück, einem Governor der Hudson’s Bay Company. Robert Campbell, ein Angestellter der Company, der erstmals den Fluss kartierte, benannte ihn 1840 nach Pelly. George Dawson bestätigte die Benennung des Flusses. 1846 errichtete Campbell einen Handelsposten an der Einmündung des Pelly in den Yukon. Doch war dieser Handelsposten nicht erfolgreich, und 1849 brannte er nieder.